中国农业科学院兰州兽医研究所内有家畜疫病病原生物学国家重点实验室、农业部动物疫病病原生物学综合实验室、农业部兽医公共卫生重点开放实验室、农业部草食动物疫病重点开放实验室、甘肃省动物寄生虫病重点实验室、国家口蹄疫参考实验室、甘肃省生物检测工程技术研究中心、中国农业科学院人兽共患病重点开放实验室、中国农业科学院草食动物疫病重点开放实验室、家畜口蹄疫研究室、家畜传染病研究室、家畜寄生虫病研究室、人兽共患病研究室和禽病研究室。是全国唯一的口蹄疫科学研究、诊断和咨询中心，在国内外享有盛誉。同时，研究所在多种畜禽疾病的病原学、流行病学、发病机理、诊断和检疫、免疫和防制技术研究以及人才培养、科技开发、基础设施和基本建设等方面取得了较大的进展。

　　基础设施和硬件条件优越：综合研究楼、寄生虫研究楼、口蹄疫研究楼建筑面积15000平方米，平均每个科研人员100平方米以上。拥有电镜、生物反应器、高效液相色谱、超速离心机、蛋白纯化系统、测序仪等国际一流仪器设备，用于烈性传染病研究的P3级实验室1个，符合P3级标准的实验动物舍2栋，普通的实验动物舍6栋。目前正在建设符合P3级标准的口蹄疫科研专用实验室。