生物信息学分析技术研讨

   －基因表达谱数据差异共表达分析技术

兹邀请上海市生物信息学中心、同济大学生物信息学系刘保红博士来所进行“基因表达谱数据差异共表达分析技术”的研讨，该研讨报告的主要内容包括：基因表达谱芯片最常规的分析是寻找差异表达基因，现有多种算法，通过比较基因在不同状态下表达水平的平均值，判断其差异是否显著，从而获得差异表达基因。相对于传统的northern blotting 或目前常用的q-RT-PCR 技术，基于表达谱可以批量地筛选差异表达基因。然而，由于差异表达基因分析是针对单个基因进行逐个筛查，因此芯片数据中蕴含的基因间相互关系的信息却不能通过差异表达分析所挖掘。根据系统生物学的观点，研究单个基因或其它细胞组分远远不能充分理解细胞过程以及细胞、器官乃至机体的运转，需要通过研究基因或蛋白质之间的动态相互作用网络，整体性地分析系统的组织方式和调控机制。本报告开发了一种简练的方法，从表达谱数据中挖掘相关性信息，寻找不同状态下（如疾病与健康）基因之间相关性的改变，从而发现功能改变的基因，揭示不同状态下基因组织方式和调控机制的差异。这种差异共表达的研究思路是传统差异表达研究思路的有益补充，能从新的角度寻找疾病的相关基因，也能对疾病的分子机理作出具体解释。

刘保红博士2006年入同济大学生物信息学系，师从李亦学教授从事基因表达谱分析的算法语言研究，编写完成了以BioConductor平台为基础的基因表达谱分析软件包，2011年毕业获得博士学位后在上海市生物信息学中心和苏州众信生物信息学公司从事基因组学和生物信息学技术研发和社会服务与科研合作等工作，参与完成了骆驼基因组研究（Nature Communication, 2013）等基因组测序和生物信息学分析。有较丰富的基因组组装与注释、生物分子相互作用网络分析、R语言为基础的编程等理论基础和实战经验。

欢迎感兴趣的科研人员和研究生积极参加！

时间：2014年8月1日上午10:00

地点：综合楼五楼会议室

猪禽消化道感染与粘膜免疫创新团队

2014年7月31日